Propagation, virulence, résistance aux vaccins... Ce que l’on sait du variant Omicron du Covid-19

Une alerte et beaucoup d’inconnues. Omicron, le nouveau variant du SARS-CoV-2, entraîne réunions d’urgence et fermetures des frontières en cascade pour les voyageurs d’Afrique du Sud et d’Afrique australe, tandis que les cas détectés se multiplient sur la planète.

Le variant B.1.1.529 a été identifié la première fois en Afrique du Sud le 9 novembre. Les autorités sud-africaines ont alerté l’Organisation mondiale de la Santé (OMS) le 24 novembre pour deux raisons principales. D’abord, le profil atypique de ce variant du SARS-CoV-2. Lors d’une conférence de presse, Tulio de Oliveira, directeur du Centre sud-africain de réponse et d’innovation face aux épidémies (CERI), a indiqué que ce variant présentait une cinquantaine de mutations dont plus de 30 rien qu’au niveau de la protéine Spike, définie comme la clé d’entrée du virus dans les cellules humaines, rapportait la BBC le 26 novembre.

A titre de comparaison, le variant Delta, devenu majoritaire sur la planète, ne comportait que 9 mutations dans la protéine Spike, selon des données de l’Institut Pasteur publiées en juillet dernier. Or les vaccins actuels, en premier lieu les deux vaccins phares à ARNm de Pfizer/BioNTech et Moderna, ciblent précisément cette protéine. La crainte est inévitablement la possibilité d’une inefficacité des vaccins actuels.

Progression fulgurante en Afrique du Sud

La seconde inquiétude majeure concerne la vitesse de propagation. Dans un tweet du 25 novembre, Tulio De Oliveira s’inquiète de ce variant, qui a pris une position dominante « en moins de deux semaines » en Afrique du Sud. Selon lui, à partir de l’été 2020, le variant Beta, initialement détecté en Afrique du Sud, était devenu ultra-majoritaire dans le pays avant l’apparition du Delta début 2021. Il représentait la majorité des cas d’infection dès la mi-mai et presque la totalité il y a encore quelques jours. Sauf que depuis début novembre, le nouveau variant a surgi et représente 75% des résultats de séquençages de tests Covid. « Et bientôt 100% », s’alarme Tulio De Oliveira. Une progression fulgurante en seulement 15 jours, contre un peu moins de 6 mois pour le Delta…

Les inquiétudes de l’OMS

L’OMS n’a mis que deux jours entre la réception de l’alerte et la classification du variant – qu’elle a baptisé Omicron – dans la catégorie des variants préoccupants où se trouvent Alpha (le variant britannique), Beta, Gamma (le variant brésilien) et Delta (initialement détecté en Inde). Deux variants détectés au Pérou (Lambda) et en Colombie (Mu) l’été dernier, sont toujours classés en variants d’intérêt, quand 7 autres, détectés parfois depuis mars 2021 pour le plus ancien, demeurent dans la catégorie sous surveillance.

L’OMS s’inquiète évidemment de la quantité de mutations observées sur Omicron. A ce stade, il semble seulement que ce variant poserait un « risque accru de réinfection », par rapport aux autres variants, selon l’organisation internationale. Des études sud-africaines et internationales devraient permettre d’en savoir plus « dans les jours ou les semaines » qui viennent. Deux questions sont prioritaires selon l’OMS. Une première relative à la transmission du virus, sachant qu’actuellement rien ne confirme qu’il serait plus transmissible que certains variants comme le Delta.

La seconde question porte sur la dangerosité du variant. Sur ce point, l’OMS dit manquer de preuves, mais souligne que des « données préliminaires suggèrent un taux renforcé d’hospitalisations en Afrique du Sud », précisant que cela est « peut-être dû à un accroissement des infections plutôt qu’à une conséquence d’une infection spécifique avec Omicron ».

Efficacité des tests

L’une des rares bonnes nouvelles est que les tests actuels seraient en mesure de détecter une infection résultat du variant Omicron, comme pour les autres variants. Pour surveiller la propagation d’Omicron et repérer des clusters, l’arme la plus importante sera de séquencer les tests positifs au Covid-19 pour caractériser le variant présent. En France, selon la Direction générale de la Santé, 8 cas possibles mais pas encore confirmés ont été recensés sur le territoire le 28 novembre. Dès le 26 novembre, le laboratoire Eurofins a affirmé avoir mis au point et être en passe de mettre sur le marché un test PCR capable de détecter Omicron avant même le séquençage.

Quel effet sur les vaccins ?

C’est évidemment une question centrale, à laquelle personne ne peut encore répondre. L’OMS travaille « avec des partenaires techniques pour comprendre le potentiel impact de ce variant sur nos contre-mesures existantes, comme les vaccins », rappelant au passage que « les vaccins actuels demeurent effectifs contre les risques de formes sévères et de mort ». Ceux actuellement sur le marché ciblent la protéine Spike, sur laquelle Omicron présente une trentaine de mutations. En attendant, dans un avenir proche mais pas immédiat, l’arrivée des vaccins à large spectre comme ceux développés par certains acteurs français tels que Ose Immunotherapeutics et Osivax.

Moderna sur le pied de guerre

Le laboratoire américain Moderna a dit se mettre en ordre de bataille dès le 26 novembre. Et affirme, dans un communiqué, pouvoir obtenir des « données dans les prochaines semaines » pour savoir si son vaccin ARNm est capable de neutraliser Omicron. Moderna assure se préparer depuis longtemps sur les variants, d’abord en testant des dosages supérieurs de son vaccin actuel. Le laboratoire a déjà mis en développement clinique deux doses de rappel : l’une comprenant des mutations qu’on retrouve chez le variant Beta et Omicron, l’autre face à des mutations présentes sur les variants Beta, Delta et Omicron. Enfin, Moderna entend mettre au point un vaccin de rappel spécifique à Omicron et évoque une possibilité de développement Clinique en « 60 à 90 jours ».

De son côté, Pfizer n’a pas encore officiellement communiqué. Dans une déclaration au New York Times le 28 novembre, une porte-parole du laboratoire américain assurait que les scientifiques de Pfizer « peuvent adapter le vaccin en 6 semaines et livrer des doses initiales dans un délai de 100 jours ».