Son entrée en fonction fut marquée par l'implication de l'UBS lors de la faillite de Swissair en automne 2001. L'UBS ayant refusé d'allouer un prêt supplémentaire à Swissair, Marcel Ospel fut accusé d'avoir activement contribué au «grounding» de la flotte de Swissair. Le «procès Swissair» de 2007 mit un terme à ces accusations, l'UBS n'ayant pas été jugée coupable de la faillite de la compagnie aérienne.
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Un salaire mirobolant
Décrit comme ambitieux et déterminé, Marcel Ospel fut fréquemment l'objet de critiques en raison de sa rémunération jugée trop élevée, faisant de lui l'un des dirigeants les mieux payés de Suisse (18 millions de francs suisses en 2004, 21 millions en 2005). Son déménagement pour des raisons fiscales dans le canton de Schwytz contribua à renforcer cette image auprès de l'opinion publique.
En 2006, sa rémunération annuelle est montée à 24 millions de francs suisses, soit 300 fois le salaire d'un employé de base de l'UBS. C'est le deuxième patron le mieux payé de Suisse après le patron de Novartis, Daniel Vasella, qui a enregistré un salaire de 30 millions en 2006.
La tourmente des «subprimes»
En 2007, l'UBS est prise dans la tourmente des «subprimes» américaines. L'UBS annonce quelques difficultés, sans gravité, à la fin de l'été 2007. Les révélations se succèdent et à la veille de l'assemblée générale extraordinaire de février 2008, le montant des pertes se monte à plus 20 milliards de francs suisses.
Marcel Ospel est vivement critiqué par les actionnaires. La banque est contrainte de lancer une nouvelle augmentation de capital de 9,53 milliards d'euros. Finalement, la banque fait appel à l'aide de la Confédération et transfère 39,1 milliards de francs suisses d'actifs toxiques à la Banque nationale suisse.
Après avoir refusé une commission de contrôle spécial qui aurait été une première dans l'histoire d'UBS, l'assemblée générale accepte que le fonds souverain GIC de Singapour prenne une participation d'un peu moins de 10% au capital de l'UBS. L'Etat de Singapour, place financière concurrente de la Suisse, devient ainsi le plus grand actionnaire de l'UBS.
Le 23 avril 2008, Marcel Ospel quitte le conseil d'administration d'UBS. Il est remplacé avec effet immédiat par Peter Kurer. En avril 2010, l'Assemblée générale refuse d'accorder une décharge pour le Conseil d'administration de 2007.