A transição agroecológica é um processo gradual que envolve a mudança de um sistema de produção convencional para um orgânico/agroecológico, que são mais biodiversos e com menor impacto de suas práticas sobre os recursos naturais.
No Estado de São Paulo, as duas Secretarias (SMA/SAA) se uniram à Associação De Agricultura Orgânica/AAO e ao Instituto Kairós e assinaram um Protocolo de Intenções para viabilizar diversas ações voltadas ao estímulo à transição agroecológica e à produção orgânica nas propriedades rurais, urbanas e periurbanas.
Em 2017 contou com uma adesão total de 53 agricultores que recebem acompanhamento de extensionistas pertencentes a 6 instituições: CATI – Escritório de Desenvolvimento Rural de Piracicaba; CATI – Escritório de Desenvolvimento Rural de S J Rio Preto; AMATER – Cooperativa de trabalho assessoria técnica, extensão rural e meio ambiente; Instituto Kairós – Ética e Atuação Responsável; Prefeitura de São Paulo – CAE; e Prefeitura da Estância Turística de São Roque